In der Geschichte der Immanuelkirche spiegeln sich die prägenden historischen Ereignisse von 126 Jahren wider. Die Geschichte der Kirche und ihrer Gemeinde ist eng verbunden mit der städtischen Entwicklung, dem kulturellen Leben im Wins- und Kollwitzkiez und den politischen Ereignissen.
Während des Ersten Weltkrieges erlagen auch die Mitglieder der Immanuelkirche der anfänglichen Kriegseuphorie, die bald in Trauer um die vielen „Kriegshelden“ umschlug. In der Zeit des Nationalsozialismus war die Kirche Schauplatz der Kämpfe zwischen „Deutschen Christen“ und „Bekennender Kirche“, während Pfarrer Schwartzkopff sich für verfolgte jüdische Mitmenschen einsetzte. Die Immanuelkirche gehört zu den wenigen Kirchen in Berlin, die im Zweiten Weltkrieg nicht zerstört wurden. In der DDR war die Immanuel-Gemeinde den Repressionen der SED-Regierung ausgesetzt und Sammelbecken für Aktivistinnen und Aktivisten der Friedensbewegung. Die Geschichte der Kirche ist auch verknüpft mit dem künstlerischen Schaffen von Käthe Kollwitz und Ernst Barlach, ebenso wie mit der Musik der Kantoren Richard und Otto Abel. Sogar in Franz Kafkas Notizen taucht die Immanuelkirche auf.
Zwischen der Immanuelkirche und dem heutigen Museum Pankow, das im Gebäude der ehemaligen 121. Gemeindeschule für Mädchen untergebracht ist, gab es von Beginn an Berührungspunkte. So war Richard Abel, der Kantor der Immanuelkirche, Lehrer und Konrektor an der vis-à-vis auf der anderen Seite der Prenzlauer Allee gelegenen Mädchenschule.